Jak każdy lek, Fluconazole Genoptim może powodować działania niepożądane, chociaż nie u każdego one wystąpią. Najczęściej zgłaszanymi objawami są ból głowy, dolegliwości ze strony przewodu pokarmowego (ból brzucha, biegunka, nudności, wymioty) oraz przejściowe zwiększenie aktywności enzymów wątrobowych. Często może również wystąpić wysypka skórna.
Do niezbyt często występujących działań niepożądanych należą: niedokrwistość, zmniejszenie łaknienia, bezsenność, senność, zawroty głowy, zmiany smaku, zaburzenia trawienia, zaparcia, wzdęcia, suchość w jamie ustnej, świąd skóry oraz zwiększona potliwość. Rzadko mogą wystąpić poważniejsze objawy, takie jak drgawki, zaburzenia rytmu serca, ciężkie reakcje skórne czy zaburzenia czynności wątroby.
Należy niezwłocznie skontaktować się z lekarzem w przypadku wystąpienia objawów mogących wskazywać na poważne działanie niepożądane, takich jak: silna wysypka lub pęcherze na skórze, trudności w oddychaniu, obrzęk twarzy lub gardła, silny ból brzucha, ciemne zabarwienie moczu, jasne stolce, żółtaczka, uporczywe nudności lub wymioty, nietypowe zmęczenie czy gorączka. Szczególnie niepokojące są objawy mogące wskazywać na zaburzenia rytmu serca, takie jak kołatanie serca, zawroty głowy lub omdlenia.