Okres inkubacji (utajenia) wynosi 2–28 dni, w tym czasie wirus rozmnaża się w komórkach w miejscu ukłucia, i przez chłonkę przemieszcza się do sąsiednich węzłów chłonnych i narządów, które posiadają bogaty układ siateczkowo-śródbłonkowy.
Po okresie inkubacji obserwuje się pierwsze stadium choroby, tzn. klinicznie obraz infekcji grypopodobnej, dla którego charakterystyczne jest:
-ogólne złe samopoczucie,
-katar,
-gorączka,
-bóle głowy,
-zmęczenie,
-bóle stawów,
-bóle krzyżowe,
-brak apetytu,
-nudności.
Wymienione symptomy mogą się utrzymywać 1–8 dni. W tym czasie wirus drogą krwionośną dostaje się do ośrodkowego układu nerwowego. Po okresie 1–20 dni od wystąpienia pierwszych objawów, a po ok. czterech tygodniach od momentu ukłucia przez kleszcza dochodzi do drugiego stadium choroby, które ma o wiele cięższy przebieg i może mieć postać oponową, mózgową, mózgowo-rdzeniową lub mózgowo-oponowo-rdzeniową. W tym okresie chory bardzo wysoko gorączkuje, nawet do 41°C.
Najczęstszą a zarazem najlżejszą odmianą kleszczowego zapalenia mózgu jest postać oponowa, w której objawom oponowym towarzyszą bóle głowy, wymioty, sztywność karku. Mogą wystąpić asymetryczne niedowłady kończyn, osłabienie siły mięśniowej, porażenie wiotkie kończyn z zanikami mięśni.
Bezpośrednią przyczyną kleszczowego zapalenia mózgu jest wirus KZM, który należy do rodziny flawiwirusów. Występuje on w kilku rodzajach, które wyróżniane są ze względu na lokalizację geograficzną.
Do zakażenia ludzi tym patogenem najczęściej dochodzi poprzez ukąszenie przez zainfekowanego kleszcza, jednak istnieje także możliwość zachorowania na KZM poprzez spożycie niepasteryzowanego mleka pochodzącego od zwierzęcia, które choruje na KZM. Tego rodzaju droga zakażenia występuje bardzo rzadko.
W zależności od regionu tylko niewielki, określony odsetek kleszczy jest nosicielem tego patogenu. Dodatkowo nie w każdym przypadku ukąszenia przez zakażonego owada musi dojść do transmisji wirusa do ludzkiego organizmu- ważne tutaj jest wczesne zauważenie kleszcza oraz szybkie usunięcie go ze skóry.
W fazie zwiastunowej ustalenie rozpoznania odkleszczowego zapalenia mózgu jest niemożliwe ze względu na brak charakterystycznych objawów oraz wyników podstawowych badań laboratoryjnych. Rozpoznanie zapalenia mózgu lub opon mózgowo-rdzeniowych jest możliwe dopiero w fazie objawowej, a ustalenie przyczyny ułatwiają badania laboratoryjne polegające na wykrywaniu w surowicy krwi przeciwciał skierowanych przeciw wirusowi. Ważnym badaniem potwierdzającym rozpoznanie, które należy wykonać w każdym przypadku podejrzenia choroby, jest badanie płynu mózgowo-rdzeniowego. Zwykle uzyskuje się go za pomocą punkcji lędźwiowej i w przypadku zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych stwierdza się zwiększoną liczbę komórek, zwłaszcza jednojądrzastych. Również w płynie mózgowo-rdzeniowym można wykryć obecność przeciwciał skierowanych przeciw wirusowi odkleszczowego zapalenia mózgu, co stanowi ważne potwierdzenie rozpoznania.
Profilaktyka zachorowań na odkleszczowe zapalenie mózgu obejmuje: pasteryzację mleka, zmniejszanie populacji kleszczy oraz stosowanie osobistych środków ochrony. Na obszarach endemicznych mleko może zawierać wirusa odkleszczowego zapalenia mózgu, dlatego pasteryzacja i niespożywanie niepasteryzowanego mleka i przetworów mlecznych zapobiega zakażeniom. Można także wpłynąć na liczbę kleszczy w środowisku przez np. regularne koszenie trawy wokół domu, stosowanie środków roztoczobójczych lub kontrolę populacji jeleni.
Nie ma leków aktywnych wobec wirusa odkleszczowego zapalenia mózgu, dlatego leczenie przyczynowe nie jest możliwe. Chorzy otrzymują dożylne uzupełnianie niedoborów wodno-elektrolitowych powstałych w związku z gorączką i wymiotami. Ponadto stosuje się leki przeciwbólowe i zmniejszające obrzęk mózgu, co łagodzi przebieg choroby i zmniejsza ryzyko powikłań. Pacjent w fazie objawowej powinien pozostawać w obserwacji szpitalnej.