Chlorheksydyna dzięki swoim właściwościom przeciwbakteryjnym jest stosowana jako środek odkażający. Jest stosowana do odkażania błon śluzowych, skóry oraz narzędzi chirurgicznych. Wykazuje działanie bakteriobójcze oraz bakteriostatyczne wobec bakterii Gram-dodatnich. Jej działanie bakteriobójcze wobec bakterii Gram-ujemnych oraz wirusów jest znacznie słabsze. Chlorheksydyna jest wykorzystywana do produkcji płynów do płukania jamy ustnej oraz żeli. Produkty te są wykorzystywane w leczeniu stanów zapalnych jamy ustnej oraz hamują nadmierne przyrastanie płytki nazębnej.
W preparatach występuje w postaci chlorowodorku, dichlorowodorku lub glukonianu.
