Biegunka i zapalenie żołądkowo-jelitowe najczęściej spowodowane są przez bakterie, wirusy lub pasożyty, które dostają się do organizmu na skutek kontaktu danej osoby ze skażoną powierzchnią, żywnością, wodą. Zakażenie może także przenieść się z człowieka na człowieka. Wirusy, które najczęściej powodują biegunkę to: Norowirus, Rotawirus, Astrowirusy i Adenowirusy typ 40 i 41. Rotawirusy są szczególnie niebezpieczne dla dzieci. Zakażenia bakteryjne, które powodują biegunkę wywołane są przez Escherichia coli, Salmonella enteritidis, Campylobacter, Shigella, Staphylococcus aureus, Clostridium difficile, Vibrio, Yersinia. Biegunkę o podłożu pasożytniczym powodują najczęściej Giardia lamblia, Entamoeba histolytica. Cryptosporidium.