Leczenie zespołu udarowego pnia mózgu zależy od tego, co spowodowało problem. Jeśli jest to przez skrzeplinę, lekarz może przepisać leki, które rozpuszczą skrzeplinę lub zapobiegają tworzeniu się nowych (np. aspirynę, warfarynę). Czasem może być potrzebne leczenie w szpitalu, np. jeżeli trzeba podać lek rozpuszczający skrzeplinę przez kroplówkę. W przypadku krwotoku, leczenie może obejmować operację. Rehabilitacja jest ważna dla poprawy funkcji utraconych na skutek udaru.