Octenisept to środek dezynfekujący o szerokim spektrum działania, ale ma swoje przeciwwskazania i wymaga przestrzegania środków ostrożności. Nie należy go stosować w przypadku nadwrażliwości na składniki, do płukania jamy brzusznej, do oczu, wnętrza ucha oraz nie wolno go połykać. Ważne jest, aby unikać wstrzykiwania leku pod ciśnieniem i stosować ostrożnie u noworodków. Octenisept może wchodzić w interakcje z antyseptykami na bazie PVP-jodu i anionowymi środkami myjącymi. W ciąży nie należy go stosować w pierwszych 3 miesiącach, a w okresie karmienia piersią należy usunąć lek z okolic piersi przed karmieniem.

