Cystinol nie jest zalecany dla dzieci z powodu braku wystarczających danych i ryzyka wystąpienia stanów wymagających nadzoru lekarza. Alternatywne leki bezpieczne dla dzieci to Furagina, Amoksycylina i Trimetoprim. Cystinol jest przeciwwskazany w ciąży i może powodować działania niepożądane takie jak reakcje alergiczne, nudności i bóle brzucha.

