Fluoksetyna może zwiększać ryzyko wad serca i zespołu przetrwałego nadciśnienia płucnego noworodka (PPHN) u noworodków, dlatego jej stosowanie w ciąży i podczas karmienia piersią jest zalecane jedynie w razie zdecydowanej konieczności. Alternatywne leki, takie jak sertralina, citalopram, escitalopram i bupropion, są uważane za bezpieczniejsze dla kobiet w ciąży i karmiących piersią.

