Pompa protonowa to białko w błonie komórkowej, które transportuje protony (jony wodorowe) przez błonę przeciwnie do gradientu stężeń (wymaga to zużycia energii). W żołądku pompa ta wymienia jony potasowe na wodorowe, co pomaga w produkcji kwasu solnego, biorącego udział w trawieniu. Pompy protonowe są także obecne w nerkach.
