Oligofruktoza wykazuje właściwości prebiotyczne, co znaczy, że pobudza rozwój korzystnej flory bakteryjnej jelit. Niestrawione łańcuchy cukru przechodzą do jelita grubego, gdzie stają się pożywką dla bakterii jelitowych, zwłaszcza bakterii kwasu mlekowego. Ponadto oligofruktoza wspiera procesy trawienne, obniża poziom lipidów we krwi (w jelicie wiąże nadmiar tłuszczów), zwiększa masy kałowe, ułatwiając ich przesuwanie się.
Ponieważ nie jest trawiona w jelicie cienkim, a jednocześnie posiada zdolność wiązania wody, szybko pęcznieje w przewodzie pokarmowym, co wywołuje uczucie sytości. Ponadto nie powoduje wzrostu poziomu cukru we krwi czy wzrostu wagi ciała.